Détection moléculaire et génotypage par séquençage

Détection des sérotypes de Chlamydia responsables de la lymphogranulomatose vénérienne (LGV) par PCR en temps réel sur des échantillons confirmés comme étant positifs pour l’infection à C. trachomatis et génotypage par séquençage direct des sérotypes positifs pour la LGV.

Culture positive pour la chlamydia ou résultats positifs pour les prélèvements rectaux, endocervicaux, urétraux, urinaires, biopsies ainsi que les échantillons dans un tampon (tel que le tampon Roche Cobas CTNG, le tampon APTIMA. D'autres types d'échantillons peuvent être pris en considération sur demande. Le volume minimum requis est de 1 ml.

Écouvillon ou brosses cytologiques.

Placer les brosses cytologiques ou les écouvillons dans 2 mL de milieu de transport. Les échantillons peuvent être conservés et expédiés réfrigérés au LNM dans les 48 h suivant le prélèvement, sinon, ils doivent être conservés et expédiés congelés. Les pièces de biopsie fraîches doivent être conservées au congélateur en tout temps et expédiées sur de la glace sèche.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Le service est offert pour les cas de LGV soupçonnée. La recherche du C. trachomatis par PCR dans les échantillons doit avoir donné un résultat positif. Les échantillons pour C. trachomatis ne sont pas acceptés sauf lorsque prévu dans le cadre d'une étude conjointe.

Remplissez le formulaire de requête « Test de dépistage des IST virales, du polyome et de l'herpèsvirus » en indiquant le nom, l'adresse et le numéro de téléphone du laboratoire expéditeur, l'identifiant du patient, la date de naissance ou l'âge, le sexe, le n° de référence de l'échantillon, le type d'échantillon, la date de prélèvement, le test requis, le type de tampon, la raison du test et toute autre information clinique pertinente.

Veuillez contacter le laboratoire IVTS si vous souhaitez utiliser un formulaire de requête au format Excel pour faciliter l'envoi groupé d'échantillons.

S/O

La détection de souches de Chlamydia responsables du LGV dans les échantillons positifs pour Chlamydia est réalisée à l'aide d'un test PCR multiplex en temps réel (1). La sensibilité analytique pour la détection de LGV se situe entre 10 et 100 copies/réaction, tandis que la détection du plasmide cryptique est d'environ 100 copies/réaction. Le sérotype est confirmé par amplification et séquençage des gènes ompA et pmpH. L'optimisation du test pour inclure le gène pgp3 est en cours.

Veuillez noter que cette méthode est moins sensible que les trousses de diagnostic disponibles et n'est pas destinée au dépistage de Chlamydia trachomatis.

10 jours civils pour la détection moléculaire et 21 jours civils pour le génotypage du LGV.  Veuillez communiquer avec le laboratoire pour vous renseigner sur les délais d’exécution plus courts.

1. Chen CY, Chi KH, Alexander S, Ison CA, Ballard RC. A real-time quadriplex PCR assay for the diagnosis of rectal lymphogranuloma venereum and non-lymphogranuloma venereum Chlamydia trachomatis infections. Sex Transm Infect. 2008 Aug;84(4):273-6.
2. Smit PW, Cornelissen AR, Bruisten SM (2020) Reduction of non-typeable results using a plasmid oriented Lymfogranuloma venereum PCR for typing of Chlamydia trachomatis positive samples. PLoS ONE 15(6): e0233990. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0233990