Génotypage de la résistance aux antiviraux du virus de l'herpès simplex (VHS-1 et VHS-2)

Génotypage de la résistance aux antiviraux du virus de l'herpès simplex (VHS-1 et VHS-2).

Écouvillon de lésion positive au VHS-1 ou au VHS-2 : 1 ml (0,5 ml minimum), LCR : 1 ml (0,5 ml minimum) ou plasma : 1 ml (0,5 ml minimum). Des cultures virales de 1 ml (0,5 ml minimum) peuvent également être envoyées. Le volume minimum ne permettra pas de répéter le test sur les échantillons dont le résultat est équivoque

Pour les écouvillons de lésions, placer l’écouvillon dans 2-3 ml de milieu de transport pour virus pendant au moins 1 heure, puis retirer l’écouvillon. Pour le plasma, prélever le sang dans un tube séparateur de plasma (PPT) ou un tube contenant de l’EDTA K2 (plastique; à bouchon lavande ou rose).  Ne pas utiliser d’héparine comme anticoagulant.  Centrifuger le tube à la température ambiante à une FCR de 1 100 pendant 10-15 minutes. Décanter le plasma dans un tube distinct. Prélever le LCR dans un tube sec soumis aux conditions habituelles de ponction lombaire. Pour les cultures virales, prélever des cellules infectées et du milieu.

Le plasma et LCR peut être conservé et expédié refrigéré au LNM dans les 48 h suivant le prélèvement, sinon, il doit être conservés et expédiés congelés. Les isolats viraux doivent être congelées en tout temps et expédiées sur de la glace sèche.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Suspicion de résistance antivirale du VHS-1 ou du VHS-2, caractérisée par l'absence d'amélioration (ou une rechute) des lésions dues au VHS-1 ou au VHS-2. Le VHS résistant aux médicaments est plus fréquemment isolé chez les patients immunodéprimés (3).

Résultats de la PCR spécifique au type VHS-1 ou VHS-2, y compris le nombre de copies de la charge virale. Formulaire de demande « Infections sexuellement transmissibles et opportunistes » dûment rempli, comprenant le nom, l'adresse et le numéro de téléphone du laboratoire expéditeur, l'identifiant du patient, le sexe, le numéro de référence de l'échantillon, le type d'échantillon, la date de prélèvement, le test demandé et toute autre information clinique pertinente.

L'échantillon doit être positif pour l'ADN du VHS-1 ou du VHS-2 et les résultats doivent être joints au formulaire de demande.

Les tests sont effectués, en totalité ou en partie, au moyen d’une épreuve mise au point en laboratoire qui n’a pas été entièrement validée ni vérifiée.

Les régions des gènes de la thymidine kinase (UL23) et de la polymérase (UL30) qui comportent des mutations connues de résistance à l'acyclovir et aux antiviraux dérivés sont amplifiées par PCR et séquencées par séquençage Sanger (1,2). Les données de séquençage du VHS-1 ou du VHS-2 sont ensuite analysées et comparées à des séquences de référence de type sauvage, et les mutations et/ou les décalages de cadre sont identifiés. Un outil en ligne est utilisé pour l'analyse du VHS-1 (4) ; la base de données du VHS-2 est limitée et repose sur des résultats publiés (5). Veuillez noter qu'aucun test phénotypique n'est réalisé. Interprétez les résultats avec prudence, car ce test est destiné uniquement à des fins de recherche.

10 jours civils.  Des échantillons STAT peuvent être envoyés dans certaines circonstances. Veuillez communiquer avec le laboratoire pour vous renseigner sur les délais d’exécution plus courts.

1. Doris Chibo, Julian Druce, Joe Sasadeusz, Chris Birch, Molecular analysis of clinical isolates of acyclovir resistant herpes simplex virus, Antiviral Research,Volume 61, Issue 2, 2004, Pages 83-91, ISSN 0166-3542, https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2003.08.018
2. Emilie Frobert, Jean-Claude Cortay, Tadamasa Ooka, Fatiha Najioullah, Danielle Thouvenot, Bruno Lina, Florence Morfin, Genotypic detection of acyclovir-resistant HSV-1: Characterization of 67 ACV-sensitive and 14 ACV-resistant viruses,Antiviral Research, Volume 79, Issue 1, 2008, Pages 28-36, ISSN 0166-3542, https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2008.01.153.
3. Jiang, YC., Feng, H., Lin, YC. et al. New strategies against drug resistance to herpes simplex virus. Int J Oral Sci 8, 1–6 (2016). https://doi.org/10.1038/ijos.2016.3
4. https://dna.informatik.uni-ulm.de/software/mra/app/index.php?plugin=form
5. Andreas Sauerbrei, Kathrin Bohn-Wippert, Marisa Kaspar, Andi Krumbholz, Matthias Karrasch, Roland Zell, Database on natural polymorphisms and resistance-related non-synonymous mutations in thymidine kinase and DNA polymerase genes of herpes simplex virus types 1 and 2, Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Volume 71, Issue 1, Pages 6-16. (2016) https://doi.org/10.1093/jac/dkv285