Détection moléculaire des mutants résistants aux médicaments

Test de pharmacorésistance du virus de l’hépatite C (VHC) au moyen de l’amplification par RT-PCR du génome entier du virus ou de la région NS3-NS5B, suivie du séquençage de nouvelle génération et de la comparaison des séquences à une base de données sur les mutations responsables de la pharmacorésistance connues.

Échantillon de sérum ou de plasma. Le volume minimal requis de sérum ou de plasma est de 1,0 mL. Bien que ce ne soit pas exigé, un échantillon prélevé avant le traitement mis en banque permet de différencier une rechute d’une réinfection et d’ajouter des renseignements à la base de données sur les mutations responsables de la résistance du VHC.

Prélever le sang dans des tubes de séparation du sérum (TSS) ou tubes EDTA.

Congeler les échantillons jusqu’au moment de leur envoi pour analyse. Expédier les échantillons congelés sur glace sèche.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Le test de dépistage du VHC est principalement destiné aux patients chez qui un traitement antérieur contre le VHC comprenant un inhibiteur de NS3, de NS5A et/ou de NS5B a échoué. Les échantillons de patients présentant une charge virale inférieure à 10³ UI/ml ne sont pas acceptés pour le moment.

Requête pour des hépatites virales et pathogènes transmis par le sang complétée incluant le nom, l’adresse et le numéro de téléphone de l’expéditeur.  Le nom du patient ou identificateur (# du laboratoire qui le réfère), la date de naissance, l’exposition présumée, le(s) test(s) demandé(s). Nature du spécimen et date de prélèvement. Si possible, fournir l’histoire clinique et les résultats d’analyses qui ont été effectuées par les laboratoires locaux ou provinciaux.  Veuillez fournir la charge virale si elle est connue. Si un échantillon prélevé avant le traitement mis en banque est fourni, veuillez inclure les mêmes données pour cet échantillon.

S/O

Les tests sont effectués, en totalité ou en partie, au moyen d’une épreuve mise au point en laboratoire qui n’a pas été entièrement validée ni vérifiée, car il n’y a pas de panel bien caractérisé.

En fonction de la charge virale et de la qualité de l’échantillon, l’une des deux méthodes suivantes sera utilisée : i) transcription inverse (TI) couplée à une amplification par PCR utilisant : i) une PCR à longue portée indépendante du génotype (amplification quasi complète du génome du VHC) ou une amplification ciblée de la région NS3-NS5B, ou ii) une amplification du génome complet par TI et PCR à amorces aléatoires, avec ou sans sondes de capture. Tous les échantillons sont traités par séquençage approfondi de nouvelle génération. Les données obtenues sont comparées à une base de données de mutations de résistance connues. Les résultats des tests sont destinés uniquement à des fins de recherche.

28 jours civils.

1. Shah H, Bilodeau M, Burak KW, Cooper C, Klein M, Ramji A, Smyth D and Feld J; for the Canadian Association for the Study of the Liver. 2018. The management of chronic hepatitis C: 2018 guideline update from the Canadian Association for the Study of the Liver. CMAJ 190 (22) E677-E687 (2018). DOI: https://doi.org/10.1503/cmaj.170453.
2.  Bradshaw D, Mbisa JL, Geretti AM et al. Consensus recommendations for resistance testing in the management of chronic hepatitis C virus infection: Public Health England HCV Resistance Group.J. Infect. 79(6):503-512 (2019). DOI: https://doi.org/10.1016/j.jinf.2019.10.007.
3.  AASLD-IDSA. HCV guidance: recommendations for testing, managing, and treating hepatitis C. Clin Infect Dis, 67 (10): 1477-1492 (2018) .See current update at: https://www.hcvguidelines.org.
4. Houldcroft, C, Beale, MA, Breuer, J. Clinical and biological insights from viral genome sequencing. Nature Reviews Microbiology 15: 183–192 (2017). https://www.nature.com/articles/nrmicro.2016.182